In 1134 richtte Godfried I met de Baard (1095-1139), hertog van Lotharingen en eerste hertog van Brabant, in Brussel een benedictijnenproosdij op met een publiek toegankelijke kapel en droeg ze over aan abt Parvinus en de benedictijnenabdij van het Heilige Graf in Kamerijk. Ze lag tussen de eerste en tweede stadsmuur voor de Stenen Toren in het centrum van de oude weverswijk en was eigendom van de parochie van Sint-Michaël en Sint-Goedele. In 1134 wijde men de kapel van de Heilige Maria Moeder Gods. Men vereerde haar hier van bij het begin. Zo ontstond de naam “Onze Lieve Vrouw ter Kapellekerk”. Het nieuwe klooster stond onder leiding van een prior. Na een akkoord tussen het kapittel van Sint-Michaël en Sint-Goedele en de abt van Kamerijk werd de kappel in 1210 verheven tot parochiekerk.
De bouw van o.a. een groter kerkgebouw was noodzakelijk. Er waren verschillende bouwfasen, waarvan de laatste in de zeventiende eeuw werd beëindigd. In 1797, tijdens de Franse Revolutie plunderden de “sansculotten” de kerk waarna ze de kerk sloten. Het volledige bezit ging over in handen van de staat en de monniken moesten hun klooster verlaten. Na het concordaat tussen Paus Pius VII en Napoleon van 15/07/1801 werd de kerk het centrum van een stadsparochie.